Tiền thân của Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội là Ban quản lý phát triển vận tải công cộng (2001) và Ban dự án đường sắt đô thị Hà Nội (2012).

Năm 2002, thành lập Chi bộ  cơ sở với tổng số đảng viên là 05 đảng viên.

Năm 2011, thành lập 05 Chi cơ sở với tổng số đảng viên là 38 đảng viên.

Ngày 12/7/2011, do yêu cầu phát triển của Đảng bộ, Ban Thường vụ Đảng ủy Khối các cơ quan thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 789-QĐ/ĐUK về việc “Nâng cấp Tổ chức cơ sở đảng (chi bộ Ban dự án ĐSĐT Hà Nội thành Đảng bộ Ban dự án ĐSĐT Hà Nội)”. Ban dự án ĐSĐT Hà Nội  đã thành lập ra Ban Chấp hành Đảng ủy lâm thời với 03 đảng viên được chỉ định gồm: 01 đồng chí Bí thư Đảng bộ, 01 đồng chí Phó bí thư và 01 đồng chí Ủy viên. Thời điểm này, có 10 chi bộ trực thuộc, các chi bộ sinh hoạt độc lập theo từng phòng ban chuyên môn.

Tháng 2/1012 Đảng bộ Ban dự án đường sắt đô thị Hà Nội được đổi tên thành Đảng bộ Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội. Số đảng viên của Đảng bộ là 52 đảng viên với 06 chi bộ trực thuộc.

Năm 2013, số đảng viên của Đảng bộ là 62 đảng viên với 07 chi bộ trực thuộc.

Năm 2014, số đảng viên của Đảng bộ là 73 đảng viên với 10 chi bộ trực thuộc.

Ngày 16/5/2015, Đại hội Đảng bộ Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội lần thứ I, nhiệm kỳ 2015 – 2020 đã bầu ra Ban chấp hành Đảng bộ mới, gồm 09 đảng viên.

Tháng 10/2017, số đảng viên hiện tại thuộc Đảng bộ là 76 đảng viên và có 06 chi bộ trực thuộc, gồm: Chi bộ Văn phòng; Chi bộ phòng tài chính kế toán; Chi bộ phòng thực hiện dự án 1; Chi bộ phòng thực hiện dự án 2; Chi bộ phòng kế hoạch và chuẩn bị đầu tư; Chi bộ phòng kỹ thuật và thẩm định.