Trước thách thức của mưa lớn và tình trạng ngập lụt, các công trình tàu điện ngầm ở Hà Nội đã có các biện pháp phòng ngừa rủi ro, sự cố trong quá trình thi công và trong vận hành hệ thống.
Việt Nam thuộc vùng khí hậu nhiệt đới ẩm, gió mùa. Trên toàn lãnh thổ, lượng mưa và thời gian mưa hàng năm tương đối lớn. Mưa phân bố không đều và tập trung vào các tháng mưa với nhiều trận mưa có cường độ lớn, nhiều đợt mưa liên tục, kéo dài, gây lũ lụt. Trong quá khứ, tại Thủ đô đã trải qua nhiều đợt ngập lụt lớn và gần đây, với tình trạng khí hậu thay đổi và các hiện tượng thời tiết cực đoan đang gia tăng, tình trạng ngập lụt do mưa ngày càng trở nên phổ biến hơn.
Trước thách thức của mưa lớn và tình trạng ngập lụt, các công trình tàu điện ngầm ở Hà Nội đã có các biện pháp phòng ngừa rủi ro, sự cố trong quá trình thi công và trong vận hành hệ thống. Để ngăn ngừa tình trạng nước tràn vào ga và hầm ngầm của hệ thống tàu điện ngầm qua các cửa lên xuống, các giải pháp được áp dụng là:
Thiết kế cao độ cửa lên xuống ga ngầm đạt yêu cầu của quy chuẩn thiết kế tàu điện ngầm. Cao độ của lối lên xuống được nâng lên và sử dụng các vật liệu bê tông cốt thép, kính cường lực,...được thiết kế thân thiện, hài hòa với cảnh quan và kiến trúc xung quanh.
Thiết kế cửa chống ngập, ngăn không cho nước lụt tấn công vào hầm ngầm qua các cửa lên xuống (dạng barrie). Phương án chống ngập sử dụng cửa chống ngập, khi chưa được khởi động cửa sẽ không phát sinh bất kỳ ngăn cản nào cho người và thiết bị di chuyển. Phương án này có thể làm cho lối lên xuống trở nên nhẹ nhàng, hài hòa với không gian cảnh quan xung quanh hơn nhưng có hạn chế sẽ chặn lối lên xuống cũng như lối tiếp cận của hành khách khi hệ thống cửa này được mở lên và trong trường hợp mưa ngập thì cửa lên xuống này sẽ đóng lại. Ngoài ra, để ngăn nước ngập tràn vào nhà ga đồng thời còn kết hợp sử dụng cửa chắn nước ở bên dưới phía cửa vào tầng sảnh chung.
Bên cạnh các biện pháp trên, cần có sự đồng bộ, cải thiện hệ thống thoát nước, hút nước, hạ cao độ mực nước lụt của cả Thành phố.